Když se podíváme na celý systém zbraní, kterým lodě třídy Sovereign disponují, asi by nás vůbec nenapadlo hledat vědecké laboratoře. Opak je ovšem pravdou. I když jsou tyto lodě těžce vyzbrojeny (na čemž nese hlavní vinu nynější nepříznivá situace), jejich hlavním úkolem je průzkum neznámého a objevování nových a dalekých světů. K takovému účelu jsou samozřejmě vědecké laboratoře nezbytné. Najdeme je na palubě 6.

Protože jde stejně jako v případě strojovny o značně rozsáhlý komplex má hned několik přístupů. Hlavní vstup je přímo z paluby 6 [1]. Pokud dáte přednost výtahu [2], nachází se na levé straně u hlavního vchodu. Naproti výtahu je už tradičně Jeffriesův průlez [3].
Pokud budeme pokračovat hlouběji do místnosti, všimneme si po obou stranách pracovních stanic [4]. Tyto stanice najdeme i na jiných místech laboratoře. Za stanicemi se místnost rozšiřuje. Důvodem je velký konferenční sál [7] s dlouhým jednacím stolem. Na zdech sálu je několik projekčních obrazovek.

Před konferenčním sálem je jakési rozcestí. Tady si můžete vybrat zda půjdete, kromě jíž zmíněného sálu, vpravo – kde se nachází hlavní vědecká pracovna [6]. Podobná pracovna je i na levé straně. Zbylou část místnosti tvoří dvě vědecké laboratoře [8][9].
Zhruba naproti vědecké laboratoři se nachází astrometrická laboratoř [5], sloužící k mapování hvězdných systému a soustav. Tyto dvě místnosti spolu velmi často spolupracují – naměřená data v Astrometrice bývají ve většině případů ihned analyzována a zkoumána ve vědecké laboratoři.